Việt Nam có đầy đủ các hệ sinh thái tự nhiên trên cạn và hệ sinh thái tự nhiên dưới nước. Hệ sinh thái tự nhiên trên cạn tiêu biểu là rừng nhiệt đới. Ngoài ra, những nơi có địa hình cao sẽ có rừng ôn đới trên núi. Hệ sinh thái tự nhiên dưới nước bao gồm hệ sinh thái nước mặn và nước ngọt. Tiêu biểu của hệ sinh thái nước mặn là rừng ngập mặn.
Ngoài các hệ sinh thái tự nhiên, con người tiến hành các hoạt động nông nghiệp, lâm nghiệp và thủy sản, dần dần hình thành nên các hệ sinh thái nông nghiệp. Các hệ sinh thái này có mặt ở hầu hết các vùng lãnh thổ và có xu hướng.