Để hạn chế những hiện tượng tiêu cực trong tổ chức hành chính nhà nước, vua Minh Mạng đã xây dựng cơ chế kiểm tra, giám sát “Trên dưới hiệp đồng, trong ngoài kiềm chế lẫn nhau” thực hiện ở tất cả các cấp hành chính. Giữa Lục bộ và Lục tự luôn có sự phối hợp, kiểm tra và giám sát lẫn nhau. Lục tự giúp vua thừa hành các trách nhiệm do pháp luật trao cho về các vấn đề văn hoá, giáo dục, thi cử, luật pháp, tế tự. Bên cạnh bộ Hình chuyên trách việc luật lệnh, xét xử hình phạt, án tù còn có Tam pháp ty hỗ trợ nhận đơn khiếu nại của những người bị quan triều đình xử oan ức. Đô sát viện giám sát, kiềm chế hoạt động của các cơ quan hành chính trong các lĩnh vực. Cơ mật viện là cơ quan tham mưu cao nhất của nhà vua nhưng lại không tách rời các cơ quan chức năng khác.