Khu vực Đông Nam Á có nhiều điều kiện thuận lợi để phát triển ngành nuôi trồng và đánh bắt thuỷ sản: diện tích mặt nước lớn, bờ biển nhiều vũng, vịnh. Hoạt động đánh bắt thuỷ sản đang chuyển từ các vùng biển gần bờ sang vùng biển xa bờ; tuy nhiên cũng gặp nhiều khó khăn như sự suy giảm nguồn lợi sinh vật; biển, thiếu vốn đầu tư phương tiện và thiết bị đánh bắt xa bờ. Hiện nay, các quốc gia như In-đô-nê-xi-a, Việt Nam, Phi-lip-pin có ngành nuôi trồng thuỷ sản phát triển với sản lượng nuôi trồng hàng đầu trong khu vực.