Phương pháp phân lập nhằm tách riêng từng loài sinh vật từ hỗn hợp nhiều loài sinh vật bằng cách pha loãng và trải đều mẫu trên môi trường đặc.Từ đó ta có thể nghiên cứu về hình thái, sinh lí, hóa sinh hoặc sử dụng một loài nài đó vào thực tiễn .
Phương pháp phân lập gồm các bước:
- Kỹ thuật cấy phân lập: sử dụng đĩa thạch petri để thực hiện kỹ thuật cấy phân vùng.
- Dùng que cấy vô trùng nhúng hoặc chạm vào mẫu bệnh phẩm để lấy các vi khuẩn muốn phân lập.
- Ria que cấy vừa chạm vào bệnh phẩm thành đường zich zac trên đĩa petri có chứa môi trường thạch thích hợp.
- Lật ngược đĩa và ủ ở nhiệt độ, thời gian thích hợp trong tủ ấm.
- Như vậy mật độ vi khuẩn sẽ giảm dần từ vùng 1 đến vùng 3. Mỗi vi khuẩn riêng rẽ sẽ mọc thành khuẩn lạc riêng rẽ.