Nguyên lí chung: Nhân giống vi sinh vật đặc hiệu (vi sinh vật cố định đạm, vi sinh vật chuyển hóa lân, vi sinh vật phân giải hữu cơ), sau đó trộn với chất nền (vi dụ: than bùn) để tạo ra phân bón vi sinh.
Các bước sản xuất phân bón vi sinh cố định đạm là:
Các bước sản xuất phân bón vi sinh chuyển hóa lân là:
Các bước sản xuất phân bón vi sinh phân giải chất hữu cơ là: