Phân loại dựa theo nguồn gốc hình thành, các hồ tự nhiên, có thể chia thành hai nhóm chính:
- Hồ có nguồn gốc nội sinh:
+ Hồ kiến tạo hình thành do các đứt gãy lớn
* Ví dụ: hồ Bai-can, hồ Vích-to-ri-a (Victoria - Kê-ni-a, U-gan-đa, Tan-da-ni-a),..,
+ Hồ núi lửa hình thành trên miệng núi lửa đã tắt
* Ví dụ: Biển Hồ Plei-ku (Pleiku - Việt Nam), hồ Crây-tơ,...
- Hồ có nguồn gốc ngoại sinh:
+ Hồ do băng hà tạo ra.
* Ví dụ: Ngũ Hồ (Ca-na-đa, Hoa Kỳ), hồ Gấu Lớn (Ca-na-đa)
+ Hồ bồi tụ do sông
* Ví dụ: hồ Hoàn Kiếm (Việt Nam).
+ Bên cạnh đó, có hồ nhân tạo được xây dựng để sản xuất thuỷ điện và cung cấp nước cho sản xuất và đời sống
* Ví dụ: hồ Ka-ri-ba (Kariba - Dim-ba-bu-ê), hồ Dầu Tiếng, hồ Hoà Bình (Việt Nam),...