Do virus nằm trong vật chất di truyền của tế bào chủ cho nên nếu kháng sinh tiêu diệt virus thì đồng nghĩa với diệt cả tế bào chủ (người hoặc động vật). Hơn nữa, virus còn có khả năng nằm ẩn mình vài năm trong tế bào trước khi phát bệnh và luôn thay đổi hình dạng nên có khả năng kháng thuốc rất cao. Vì vậy kháng sinh không tiêu diệt được virus vì virus hoàn toàn khác biệt với vi khuẩn.