Dựa vào nhu cầu về nguồn năng lượng và nguồn cacbon củo vi sinh vật để phân thành các kiểu dinh dưỡng của vi sinh vật. Ỏ sinh vật có 4 kiểu dinh dưỡng.
- Quang tự dưỡng: Nguồn năng lượng là ánh sáng, nguồn dinh dưỡng là CO2, nhóm này gồm vi khuẩn lam, tảo đơn bào, vi khuẩn lưu huùnh màu tía và màu lục.
- Quang dị dưỡng: Nguồn năng lượng là ánh sáng, nguồn dinh dưỡng là chất hữu cơ, nhóm này gôm vi khuốn không chứa lưu huùnh màu lục và mòu tía.
- Hóa tự dưỡng: Nguồn năng lượng là chất hóa học, nguồn dinh dưỡng lò CO2, nhóm nàu gồm vi khuẩn nitrot hóa, vi khuẩn ôxi hóa hiđrô, ôxi hóa lưu huùnh.
- Hóa dị dưỡng: Nguồn năng lượng lò chất hóa học, nguồn dinh dưỡng lò chất hữu cơ,nhóm nàu gồm nấm, động vật nguuên sinh, phần lớn vi khuẩn không quang hợp.